O San Juanu by se dalo říci, že je to taková "cestovní" karetní verze hry Puerto Rico. Stavění budov, výroba indiga, zlatokop skoro vše z této deskové hry je i v San Juanu.
Karty, na kterých je hra založena, se dají použít několika způsoby:
- Klasicky jako budovy, které hráč postaví tím, že za ně zaplatí.
- Jako platidlo. Každá karta může posloužit jako jeden peníz.
- Poslední způsob využití karet je při výrobě. Vždy když hráč něco vyrábí, vezme si jednu kartu z balíčku a použije ji jako surovinu tím, že jí přiloží k výrobní budově. Karta, která je použita jako surovina nemá další význám a je jedno co je to za kartu.
Hru zahajuje hráč, který má guvernéra, a vybírá si roli. Na výběr je zlatokop, dozorce, stavitel, kupec, vše stejné až na roli radního (kdy se dobírají karty a radní má privilegium si vybrat z více karet). Hráči si postupně vyberou své role a použijí je stejně jako ve hře Puerto Rico.
Hra končí v okamžiku, kdy některý z hráčů postaví svou dvanáctou budovu. Vítězem se stává hráč, jehož budovy mají nejvyšší souhrnou bodovou hodnotu.
Jinak je herní princip i hra stejná jako při hraní Puerto Rico.